К иерархическим организациям относятся все системы, где есть силовой контроль над более низкими уровнями. Например, это может быть сообщество животных(стая) со своим вожаком и его «приближёнными». Такую организацию можно отнести к трёхуровневой системе. Самыми большими по размеру иерархическими организациями (из известных людям) являются государственные структуры, контролирующие сообщества более мелких организаций (коммерческие фирмы, политические организации, семейные ячейки и т. д.)

Термин «иерархическая организация» используется для описания многих структур древесного типа. Сам по себе этот тип организации не может считаться «хорошим» или «плохим», но только адекватным или неадекватным по отношению к решаемым задачам. Иерархические системы широко распространены в технике: например, сложная система связи, система обработки данных, файловые системы, классическая система американского менеджмента, система управления транспортом и многие другие всегда организованы по иерархическому принципу, который позволяет выполнять параллельно различные операции, работать с отдельными информационными массивами и т. д.

Противоположный тип организации — сетевая (не допускающая разбивку на уровни). Горизонтальная структура — система связей на одном или близких уровнях иерархической организации, дополняющая её возможности (или деструктивно конфликтующая с ней). Любая достаточно сложная система, естественная или искусственная, имеет иерархическую структуру, и без иерархии нежизнеспособна. С другой стороны, сетевые связи также необходимы для повышения живучести и гибкости системы. При правильной организации они придают системе свойство голографичности, когда подсистемы продолжает выполнять функцию системы даже при значительных разрушениях (может быть, с ухудшением качества).

«Биологические системы демонстрируют возрастающую иерархическую организованность по мере подъема по эволюционной шкале. В теле человека лидирующеее положение занимает нервная система, которая контролирует и координирует подчиненные системы, такие как мускульная активность (через моторные пути) или внутренние органы (через пути автономной нервной системы). Иерархию также можно наблюдать в самой нервной системе. Переработка информации высокого уровня производится ассоциативными областями, которые занимают наивысший уровень в иерархии. Эти области интегрируют поступающую информацию от всех частей системы мозга. Первичные зоны коры специализируются на процессах более низкого уровня и таким образом являются подчиненными ассоциативным процессам.»

При этом некоторые психические заболевания с точки зрения теории организации предстают как конфликт между частичными горизонтальными процессами и глобальным иерархическим управлением: «Вследствие множественных требований, которые определяют глобальные структуры, некоторые частичные процессы могут сталкиваться с трудностями при обращении к глобальным структурам. Особенно это так в случае, если частичные процессы несут информацию, которая полностью устраняется из глобальных сообщений или противоречит им. На базе этих предположений можно представить себе тот тип информации, которому будет отказано в доступе к глобальной структуре; это будут противоречащие или неподходящие сообщения (то есть частичные паттерны, которые не удовлетворяют требованиям глобальных паттернов).» Описанный невротический эффект имеет универсальную организационную природу, и может наблюдаться в любых организациях при конфликте иерархических и сетевых структур. В оргуправленческом консалтинге конфликт двойного подчинения (например, вертикальной и горизонтальной структур управления) получил название «профессиональной шизофрении»